Primero ingresa a la carpeta donde tienes tus datos
ejemplo:
cd /mnt/sites
luego comprime la carpeta
tar -zcvf old.tar.gz carpeta/
cópiala al directorio raíz de tu sitio
cp old.tar.gz misitio.com
descargarla accediendo a tu url http://misitio.com/old.tar.gz
cuando termine de descargar, elimina el respaldo
rm misitio.com/old.tar.gz